遇到问题后，上网找了半天，发现没有完美的答案（改源码的能叫完美吗？），后来最后在http://stackoverflow.com/questions/23066665/multiple-definitions-exist-for-class 找到了相关类似办法。就记下分享给大家。
真正的完美解决办法是，phpstorm->file->Setting->Directorires 里把 ThinkPHP/Model 目录设置为 Excluded ，保存，马上就可以完美提示了。