本人菜鸟一枚，规划用一个Thinkphp框架开发N个web网站，想法就是一个tp框架部署和开发多个应用，每个应用下面有多个模块。然后每个应用对应一个域名。目前只开发sky和tom两个网站。每个网站分两个模块，前台模块和后台模块，规划如下。

定义sky网站:
sky网站的入口文件index-sky.php，内容为define('APP_PATH','./webapps/sky/'); 
定义tom网站:
sky网站的入口文件index-tom.php，内容为define('APP_PATH','./webapps/tom/'); 

定义sky应用的两个模块，前台模块和后台模块

前台模块：将入口文件生成的Home作为网站前台模块
后台模块：将入口文件生成的Home复制一个改名为Admin作为网站后台模块
现在sky的访问地址为：
前台地址：http://localhost/index-sky.php/Home
后台地址：http://localhost/index-sky.php/Admin
测试可以正常访问sky应用的前台和后台。Sky应用部署完毕。

Tom应用的部署方法和sky一样，
前台地址：http://localhost/index-tom.php/Home
后台地址：http://localhost/index-tom.php/Admin
测试也可以正常访问

现在网站开发好之后开始做域名解析。
规划如下：
a.bc.com，默认打开是sky网站的前台
a.bc.com/Admin，默认打开是sky网站的后台
b.bc.com，默认打开是tom网站的前台
b.bc.com/Admin，默认打开是tom网站的后台。

想请问下：
1，我的设计和架构合理吗？
2，如果合理，如何去掉每个网站访问时候的入口文件。就是默认的index-xx.php。
3，网站服务器建立站点的时候，应该设置哪个目录为主目录？我目前的做法是设置为tp的主目录，也就是index-xx.php所在的目录。
4，现在我在apache里新建虚拟主机的时候指向的是tp框架的根目录。通过在站点里指定DirectoryIndex index-sky.php参数，指定默认首页为index-sky.php。这样访问前台直接输入域名a.bc.com就可以访问了。但是访问后台模块的时候就不能在域名后面直接输入Admin来访问，需要输入入口文件+Admin。http://a.bc.com/index-sky.php/Admin才行。有办法直接用 http://a.bc.com/Admin就可以直接访问sky的后台模块吗？
求各位大神指导，给下思路。
这样两个，甚至多个入口文件有什么问题吗？